1994年に『愛の挨拶』でデビュー以後、いくつものドラマに出演。
特に1996年の『初恋』では韓国ドラマ史上最高視聴率（2008年8月現在）65.8パーセントを記録し、主役を演じた彼自身も人気の座を手に入れた。

韓国において、2002年に『冬のソナタ』のチュンサン役で、百想芸術大賞 人気賞（TV 部門『冬のソナタ』）、KBS 演技大賞 最優秀演技賞、人気賞、ベストカップル賞、ベストドレッサー賞を受賞している。

日本では、2003年BS-2で放送されたドラマ『冬のソナタ』のヒットによりブレイク、2004年4月～8月にはNHK総合で放送され、「ヨン様」「微笑みの貴公子」のニックネームが生まれ、主に30代以降の世代の女性に親しまれている。
「冬ソナ」は、2004年の流行語に選ばれる。

ドラマ「冬のソナタ」の続編が制作されることが発表されたのは（2015年）4月14日のことだった。

「冬のソナタ」の制作会社であるPanエンターテインメントが、演出家のユン・ソクホ、脚本家のユン・ウンギョン、キム・ウニを再結集して続編を制作、5月に脚本が完成する予定という。韓国エンタメライターが内幕を語る。

どうやらこの続編、かなりの確率でポシャりそうだという。
「一番の理由はペ・ヨンジュンの結婚発表にある」と語るのは、芸能ライターだ。続けてもらおう。

「ペ・ヨンジュンが選んだ相手がまずかった。
弟のようにかわいがっていた同じ事務所の後輩俳優キム・ヒョンジュンの元カノ、パク・スジンで13歳も年下。
体調を崩して気弱になっていたペ・ヨンジュンを看病して結婚に持ちこんだ。
さらに、ヒョンジュンの軍隊入隊2日後に結婚を電撃発表するやり口に、ヨン様も普通の男だったのね、とファンは失望したわけです。この先、冬ソナ続編に主演しようが、以前のようなフィーバーはないでしょう」

2005年映画『四月の雪』で、中華民国（台北）、日本、中華人民共和国（北京）でプロモーションを行なう。
2007年5月、中国の捜狐ドットコム（総2495万5044人参加）の「10年間最も影響力のある韓国スター」で1位となる。
2007年『太王四神記』に主演し、韓国で最高視聴率37パーセントを獲得したことで注目を集める。

韓流スター、ペ・ヨンジュン（４２）が韓国の健康食品メーカーから詐欺容疑で告訴されたことが（2014年9月）２３日、分かった。

複数の韓国メディアによると、メーカー側が２００９年、ヨン様が大株主だった食品販売会社と紅参製品（高麗人参を蒸して乾燥させたもの）の日本での販売契約を締結。市場調査などの名目で販売会社側に２２億ウォン（約２億３０００万円）を支払ったが、本来の目的で使われずに損害を被ったなどと主張している。

2015年8月18日、韓国・聯合ニュースによると、韓国俳優のペ・ヨンジュンさんが自身の（女優パク・スジンとの）結婚に関する記事に悪質なコメントを書き込んだネットユーザー約30人を告訴した。

韓国の俳優ペ・ヨンジュンが設立した芸能事務所のキーイーストが、マネジメントを行う子会社を設立した。
同社は（2017年4月）17日、マネジメント専門の子会社「コンテンツワイ」(仮称) を設立したと明らかにした。
これにより、キーイーストは現在のマネジメント事業部とは別に、第2のマネジメントブランドを運営することになる。

日本では元祖韓流スターというイメージが根強いですが、実は祖国韓国では、もう俳優というよりは実業家・投資家としてのイメージの方が強くなっています。

「冬のソナタ」のブレイクで一躍大スターとなったペ・ヨンジュン氏は、そこで儲けたお金のうち９０億ウォン（約９億円）を、当時倒産寸前だったソフト会社「オートウィンテック」に出資し、株式37.5%を所得して筆頭株主になることで経営権を買収しました。
買収と同時にオートウィンテック社を『キーイースト』に社名変更し、当時自身が所属していた事務所『BOF』を子会社へ編入させ、芸能事務所／映画制作を手がける総合エンターテイメント会社として再建、急速に事業を拡大していきました。

前々からペ・ヨンジュン氏は「韓流ブームが長く続くよう、アジア各国のエンターテイメント業界と双方向で交流を広げる事業」をしたいと語っており、キーイーストはまさに韓流コンテンツをアジア各国へ供給するべく舵を切りました。

さらに現在はドラマや映画事業のみならず、音楽事業、化粧品事業、免税店事業へも進出を試みており、キーイーストはもはやイチ芸能事務所には収まらないほど巨大な勢力となっています。

財閥ドットコムの「有名芸能人保有の上場企業株価評価」によると、芸能企画会社である『キーイースト』の筆頭株主であるペ・ヨンジュンが保有している株式の時価は、1384億ウォンに上ると評価されています。