20世紀に置いてきた最大の謎。その正体は全世界を揺るがすものだ。秘密結社シークレット・セブン、得体の知れないブラックメン、そしてルパンたちが争奪戦を繰り広げる…。

軍事組織「ナイトホークス」が持つお宝・アイスキューブ。このお宝を目当てに東京にあわられたのは、緑のジャケットを着たルパンと赤いジャケットを着たルパンだった。

お宝を手にするのは、果たしてどちらのルパンなのか、はたまた次元・五ェ門・不二子はどっちのルパンに味方するのか…？！

舞台はニューヨークの競馬場。その競馬場の売上金を強奪するべく完璧なシュミレーションを立てたルパンは、前祝のため街へ繰り出す。

しかしその途中、男たちに追われている少女・ミシェルを助け、その少女から悪事を働いている父親からダイヤモンド「女神の涙」を奪って悪事を阻止してほしいと依頼を受ける。

競馬場のお金と、ダイヤモンドの両方が手に入るとふんだルパンは、彼女の依頼を受けることにしたのだった。

ロシア・ロマノフ朝が保有していた金塊500トンがロシア革命後に流出した。その金塊が‘バンク・オブ・リバティ’の地下金庫に隠されていることを突き止めたルパンは、計画通り金塊を盗み出すことに成功するのだが…。

ルパンが忍び込んだパーティ会場が暗殺組織に襲われ、ルパンの目の前で銭形警部が銃弾に倒れてしまう。銭形を撃った銃が、かつて自分が使っていたワルサーP-38であることを知ったルパンは、自らの過去を精算するため世界最大の暗殺組織に戦いを挑む…。

悪事から足を洗った五ェ門。彼は墨縄家の孫娘・紫と結婚することになった。挙式の最中、墨縄家の家宝を狙う風魔一族が現れ、花嫁を連れ去ってしまう。
交換条件として指定された”財宝の隠し場所を示した”「壷」を先に解読したルパンは、紫と壺をを交換し、一足先に財宝を狙うが…。

秘宝‘コロンブスの卵’の所在を記した‘コロンブス・ファイル’を手にした不二子だったが、同じく財宝を狙うナザロフに急襲されて記憶を無くしてしまう。財宝の秘密を解く鍵を握るのは記憶喪失の不二子ただ一人。その不二子をめぐってルパン、盗掘屋のロザリア、ナザロフの黒幕であるバートンが激しい争奪戦を繰り広げるが…。

米花町の銀行に保管されているチェリーサファイアを強奪したルパン三世。銭形警部らの追跡を巻いたルパンは、謎の男アラン・スミシーと電話で連絡。同じ頃、超人気アイドルのエミリオが美人マネージャーのクラウディアを伴い来日。その際、コナンはエミリオのボディーガードをしている人物が、ルパン一味の次元大介だと見破る。そんな中、エミリオに脅迫状が届き…。

ノストラダムス教団の教祖を名乗るライズリーは、歴史の中に失われたとされているノストラダムスの予言書の一部を極秘に入手して、次々と大事件を予言しては信者を増やし、その勢力を拡大していた。だが、その裏にはクリスをリーダーとする特殊部隊の存在があり、彼らがライズリーの予言を実行していたのだった。その頃、ルパンと次元はリオでの仕事中に銭形に見つかり、アトランタ行きの飛行機に乗って逃亡していた。この飛行機には不二子がダグラス財閥の一人娘・ジュリアとともに乗り合わせており、ルパンは、ジュリアの教育係という肩書を名乗る不二子の本当の狙いを探る…。

くさび形文字が刻まれた粘土板がニューヨークで発見された。その粘土板には黄金のバベルの塔の在処が刻まれていたのだった。
バビロンの財宝をターゲットに定めたルパンの元に現れたのは、馴染みの老女ロゼッタ。彼女は古びた燭台と、謎の詩のような言葉を残し去っていく。

ルパンが新しく発見されたバベルの塔の遺跡へと潜入すると、そこにあったのは黄金の獅子像と、立体映像の美女ロゼッタだった。
彼女は76年ごとに降臨する神の遣いで…。

ハリマオの財宝の封印を解くヒントは‘熊’、‘鷹’、‘猿’の3体の像に隠されていた。その3体の像をめぐってルパン、英国諜報部員、ネオナチの三つ巴の争いが繰り広げられる…。

トワイライトと名付けられたダイヤモンドは、失われた伝説の隠し財宝の場所を解き明かす鍵となっていた。闇シンジケートのボス、ドルーネからトワイライトを託されたルパンは、民族紛争に揺れるモロッコへと向かう…。