スネ夫のパパのアメリカ土産「恐竜のツメの化石」を見せてもらえなかったのび太は本物の恐竜を見つけると宣言、やむなく、のび太は化石発掘を始め、悪戦苦闘の末、化石らしき物を見つけた。ドラえもんのタイム風呂敷にかぶせて一億年前の姿に戻すと、これが巨大なタマゴ。それから毎日、のび太はふとんの中でそれ抱いて寝た。ある朝、タマゴからかわいらしい恐竜が誕生した。白亜紀の日本近海にいたフタバスズキ竜である。ドラえもんとのび太はこの恐竜をピー助と名づけて育てるが、大きく成長しすぎて、大騒ぎとなり、やむなく一億年前の日本近海に戻すことにするが…。

ママから0点の答案用紙を隠そうとしたのび太は、ドラえもんのひみつ道具“どこでもホール”で地下の空洞に向かう。そこで偶然にも広い地下洞窟を発見し、みんなを呼んで地底探検をすることに。しかし、その最中にスネ夫が行方不明になってしまった。スネ夫を探しにいったのもつかの間、肝心のドラえもんたちが竜人“ナンジャ族”につかまってしまう。そんな危機一髪のところを助けてくれたのは、竜の騎士バンホー。バンホーに連れられ地底人たちの首都を訪れたのび太たちであったが…。

本物の孫悟空に会いにいくため、のび太はタイムマシンをつかって1300年前の唐の時代へ向かう。そこで、孫悟空はのび太とそっくりだったことを知り、のび太は現代に帰ってみんなに自慢する。しかし誰も信じてくれず、今度はみんなと一緒に唐の時代へ。しかし孫悟空はいつまで経っても現れず…。

ドラえもんのひみつ道具“気ままに夢見る機”で、自分の好きな夢をみていたのび太。ある日、謎の男から“夢幻三剣士”の夢をみることをすすめられたが、のび太が見た夢は、妖霊大帝オドロームによってユミルメ国が支配されてしまうという内容だった。ユミルメ国を守るため、のび太は白銀の騎士・ノビタニヤンとして、ドラえもん、ジャイアン、スネ夫たちと共に悪に挑む！

夏休みの自由研究のため、のび太に“創生セット”を渡したドラえもん。のび太は宇宙の誕生から地球の発生、そして生命の誕生まで完成させ、しずか、ジャイアン、スネ夫たちとミニ地球を観察する。しかしその地底には独自の進化を遂げた虫が発生。やがて虫たちはミニ地球の人類に挑戦しようとしはじめ…。

ある日、巨大なロボットの部品を見つけたのび太たちは、ドラえもんのひみつ道具“入りこみミラー”を使い、鏡の中で組み立てることに。鏡の世界は現実世界と左右が逆で、人間も存在しない世界。のび太たちは完成させたロボット・サンダクロスと鏡の世界で遊んでいたが、ロボットの持ち主だという少女リルルと出会う。彼女にサンダクロスを返したが、実は地球制服を企むロボットの国“メカトピア”から送り込まれたロボットで…。

夏休み、のび太の家に一匹の仔犬ペコが迷い込んできた。その仔犬はコンゴにある巨神像の写真を探してのび太たちに見せる。ドラえもんたちは巨神像の謎を解くため、さっそくアフリカのジャングルへ。すると突然ペコが話し、ペコが巨神像のある国「犬の王国」の王子様だったことが判明する。しかし科学が発達した王国は、人間世界を征服しようと企むダブランダーという大臣に支配されていて…。

ドラえもん、のび太、しずかは、ある日小さなロケットを発見する。そのロケットは“ピリカ星”の大統領パピが乗ってきたもので、パピは独裁政治を行おうとしている反乱軍から隠れるため、地球に逃れてきたのだった。しかし反乱軍の首謀者ギルモア将軍は、パピを捕まえるために追跡部隊をさし向けてきた。パピを守るため、ドラえもんたちはひみつ道具“スモールライト”でパピと同じ大きさになり、“かべ紙ひみつ基地”にパピをかくまうが、ギルモア将軍の手下にスモールライトを奪われ、さらにしずかも人質にとられてしまい…。

夏休みに海の底でキャンプをすることになったドラえもんとのび太たち。しかし突然、大イカに襲われ、危ないところを海底人に助けられる。
海の底には海底人の国“ムー連邦”があり、のび太たちはエルという海底人と友だちになる。そんなとき、バミューダ・トライアングルにある鬼岩城のコンピュータ・ポセイドンが攻撃をしかけてきた。ポセイドンは昔に滅んだ国・アトランティスのコンピュータで、海底火山の噴火を敵の攻撃と勘違いして襲い始めたのだった！