夏休み、のび太の家に一匹の仔犬ペコが迷い込んできた。その仔犬はコンゴにある巨神像の写真を探してのび太たちに見せる。ドラえもんたちは巨神像の謎を解くため、さっそくアフリカのジャングルへ。すると突然ペコが話し、ペコが巨神像のある国「犬の王国」の王子様だったことが判明する。しかし科学が発達した王国は、人間世界を征服しようと企むダブランダーという大臣に支配されていて…。

ドラえもん、のび太、しずかは、ある日小さなロケットを発見する。そのロケットは“ピリカ星”の大統領パピが乗ってきたもので、パピは独裁政治を行おうとしている反乱軍から隠れるため、地球に逃れてきたのだった。しかし反乱軍の首謀者ギルモア将軍は、パピを捕まえるために追跡部隊をさし向けてきた。パピを守るため、ドラえもんたちはひみつ道具“スモールライト”でパピと同じ大きさになり、“かべ紙ひみつ基地”にパピをかくまうが、ギルモア将軍の手下にスモールライトを奪われ、さらにしずかも人質にとられてしまい…。

夏休みに海の底でキャンプをすることになったドラえもんとのび太たち。しかし突然、大イカに襲われ、危ないところを海底人に助けられる。
海の底には海底人の国“ムー連邦”があり、のび太たちはエルという海底人と友だちになる。そんなとき、バミューダ・トライアングルにある鬼岩城のコンピュータ・ポセイドンが攻撃をしかけてきた。ポセイドンは昔に滅んだ国・アトランティスのコンピュータで、海底火山の噴火を敵の攻撃と勘違いして襲い始めたのだった！