1999年7月に「ホットドッグプレス」でモデルデビュー。bNm所属として「EITA」という芸名でモデル活動をした後、2001年にフジテレビ系ドラマ『さよなら、小津先生』で俳優デビュー。2003年のフジテレビ系ドラマ『WATER BOYS』で注目を浴び、フジテレビ系深夜ドラマ『男湯』で初主演。

2002年の12月には関西テレビでのレギュラー番組内で、関西ジャニーズJr.8人によるユニット・関ジャニ8（のちの関ジャニ∞）を結成。2003年9月には『バレーボールワールドカップ2003』のイメージキャラクターとして結成されたNEWSのメンバーに選ばれる。同年の11月には『バレーボールワールドカップ2003』のイメージソング「NEWSニッポン」を発売。その後も8年間、関ジャニ8(関ジャニ∞)の活動を並行して行っていた。

『フライデー』（5月4日号）の表紙に踊った『錦戸亮が瑛太にボコボコに殴られた午前2時』という衝撃的なタイトル。同誌によると、都内の会員制ラウンジで、泥酔した瑛太が『関ジャニ∞』錦戸亮に馬乗りになって、少なくとも数発以上殴り続けたという。「事件化されていないこともあって、スポーツ紙やワイドショーなどで扱うところはありませんでしたが、記事を読んだ芸能関係者で“またか”と思った人は多いでしょう」

4月20日発売の「フライデー」（講談社）が「俳優の瑛太が関ジャニ∞の錦戸亮をボコボコに殴った」と報じている。「フライデー」によると、瑛太と錦戸は4月10日の午前0時過ぎに東京・恵比寿の高級ラウンジに現れた。2人ともかなり酔っ払ったようで、深夜2時頃に錦戸が中指を立てて瑛太をからかう様子を見せると、表情を一変させた瑛太がいきなり錦戸を殴りつけたという。

その後、瑛太は錦戸に馬乗りになり、「やめてください！」と抵抗されるなかで何発も殴り続けたというから穏やかではない。しかし、「フライデー」の直撃に対して瑛太は「なんですか、それ」とはぐらかしており、双方の所属事務所も事実関係を認めてはいない。この報道に、ネット上では「何があったのか知らないが、暴力はアウト」「2人ともイメージダウンだわ」「本当だったら傷害事件なのでは」「どっちも30代でしょ。オッサン同士でみっともない」といった声が上がっている。