1999年7月に「ホットドッグプレス」でモデルデビュー。bNm所属として「EITA」という芸名でモデル活動をした後、2001年にフジテレビ系ドラマ『さよなら、小津先生』で俳優デビュー。2003年のフジテレビ系ドラマ『WATER BOYS』で注目を浴び、フジテレビ系深夜ドラマ『男湯』で初主演。

2002年の12月には関西テレビでのレギュラー番組内で、関西ジャニーズJr.8人によるユニット・関ジャニ8（のちの関ジャニ∞）を結成。2003年9月には『バレーボールワールドカップ2003』のイメージキャラクターとして結成されたNEWSのメンバーに選ばれる。同年の11月には『バレーボールワールドカップ2003』のイメージソング「NEWSニッポン」を発売。その後も8年間、関ジャニ8(関ジャニ∞)の活動を並行して行っていた。

『フライデー』（5月4日号）の表紙に踊った『錦戸亮が瑛太にボコボコに殴られた午前2時』という衝撃的なタイトル。同誌によると、都内の会員制ラウンジで、泥酔した瑛太が『関ジャニ∞』錦戸亮に馬乗りになって、少なくとも数発以上殴り続けたという。「事件化されていないこともあって、スポーツ紙やワイドショーなどで扱うところはありませんでしたが、記事を読んだ芸能関係者で“またか”と思った人は多いでしょう」

4月20日発売の「フライデー」（講談社）が「俳優の瑛太が関ジャニ∞の錦戸亮をボコボコに殴った」と報じている。「フライデー」によると、瑛太と錦戸は4月10日の午前0時過ぎに東京・恵比寿の高級ラウンジに現れた。2人ともかなり酔っ払ったようで、深夜2時頃に錦戸が中指を立てて瑛太をからかう様子を見せると、表情を一変させた瑛太がいきなり錦戸を殴りつけたという。

その後、瑛太は錦戸に馬乗りになり、「やめてください！」と抵抗されるなかで何発も殴り続けたというから穏やかではない。しかし、「フライデー」の直撃に対して瑛太は「なんですか、それ」とはぐらかしており、双方の所属事務所も事実関係を認めてはいない。この報道に、ネット上では「何があったのか知らないが、暴力はアウト」「2人ともイメージダウンだわ」「本当だったら傷害事件なのでは」「どっちも30代でしょ。オッサン同士でみっともない」といった声が上がっている。

「2人とも、テキーラやイエーガーを飲み干して、かなり酔っていたそう。そんな中、錦戸が、何を思ったのか『ファックポーズ』を見せながら、瑛太をからかい始めたといいます。直後、瑛太は錦戸を殴りつけ、倒れ込んだところに馬乗りになって、さらに『2発や3発ではない』回数、鉄拳を見舞ったと、同誌は伝えています」（芸能ライター）

「泥酔して椅子から転げ落ちてしまった錦戸を、瑛太が立ち上がらせようとしていたように見えました。一般席で周囲の目もあるため、瑛太は、同席者たちにウザ絡みを続ける錦戸に苦々しい表情をしていましたが、『馬乗り』や『ボコボコに殴った』なんてことは絶対にない。そして錦戸の泥酔ぶりに呆れた瑛太が先に店を出て、その後、錦戸も『とんでもないことをしてしまった』と、かなり落ち込んでいる様子でした」（同）