2005年初め、プロデューサーのイ・スマンが12人組のボーイズグループを年末にデビューさせるために準備していることを明かし、来る11月6日、SBS の音楽番組『人気歌謡』に出演し、最初のシングル曲「Twins」でデビューした。
12月5日に同タイトルを収録した第1集『Super Junior05』をSuper Junior05名義で発売した。

『Miracle』（デビューアルバム収録曲）の活動が終わると、SMエンターテインメントは、スーパージュニアの第2世代として、「Super Junior06」の新しいメンバーの選考を開始。
SM側はグループから卒業させるメンバーのリストまで作っていたという。
しかし、ローテーショングループというコンセプトは、メンバー入れ替えを望まないファンの抗議も強かった。
そこでSMエンターテインメントは、13人目の新メンバーを加えると発表した時点で計画を変更し、次世代のスーパージュニアを作るプロジェクトを中止した。

そして2006年6月25日のSBS 『人気歌謡』において、『U』で初の音楽番組１位を獲得した。
2007年9月には、2枚目のアルバム『Don’t Don』を発売。
約19万枚のセールスを記録した。

またユニットグループSuper Junior-K.R.Y.（2006年）、Super Junior-T（2007年）、Super Junior-M（2008年）、Super Junior-Happy（2008年）が結成。

2008年2月に、単独ライブツアー『SUPER SHOW』を初開催。
日本では、2008年7月8日に日本武道館で初のイベント（ファンミーティング）を開催し、翌日シングル『U』を発売した。

3月に、3枚目のアルバム『SORRY, SORRY』を発売。
予約の時点で15万枚の注文があり、売上は最終的に25万枚を超えた。
タイトル曲「SORRY, SORRY」は『ミュージックバンク』で3週連続1位、2ヶ月連続で月間1位を獲得。
また『SORRY, SORRY』のダンスカバー動画も次々アップされたり、ゴールデンディスクアワードで大賞を受賞したりと大ヒットを記録、スーパージュニアの代表曲となった。

しかし、キボムが俳優活動に専念するため一時的にグループ活動から抜けることになり、またハンギョンも所属事務所に対して裁判を起こし中国へ帰国。
さらにカンインが不祥事を起こし活動自粛に追い込まれるなど、グループとしての問題に悩まされる時期でもあった。

活動自粛していたカンインをのぞき、10人になったスーパージュニアは、5月に4枚目のアルバム『美人 (BONAMANA)』を発売。『SORRY, SORRY』ほどではないがヒットを飛ばし、2010年度アルバム最多売り上げを記録。
しかし2010年のゴールデンディスク大賞獲得はならなかった

2011年2月に初めて日本でSUPER SHOW 3を開催。2011年6月、『美人(BONAMANA)』の日本語版を発売し、正式に日本デビュー。
このシングルはオリコン週間ランキングで初登場2位を記録した

2011年8月、第5集『Mr.Simple』を発売し50万枚を超える売り上げを記録。
売上50万枚超は2008年の東方神起の『MIROTIC』以来だった。

しかしまもなくして9月にヒチョルが入隊。
またこの年、5番目のユニットSuper Junior-D＆Eが結成された。
そして12月には京セラドームでSUPER SHOW 4を開催。
これが自身初のドーム公演であった。