練習生時代、ソンミンとウニョクはJYJのジュンスとグループ組み、デビュー寸前までいっていた。
ヒチョルとカンインは、東方神起のユンホとJYJのジェジュンとグループを組んでいた。
またイトゥクとドンヘも同じグループになり、デビューに向けてレッスンに励んでいた。

しかし、東方神起のデビューによって、それぞれのグループは解体。
デビューは白紙になる。

2005年初め、プロデューサーのイ・スマンが12人組のボーイズグループを年末にデビューさせるために準備していることを明かし、来る11月6日、SBS の音楽番組『人気歌謡』に出演し、最初のシングル曲「Twins」でデビューした。
12月5日に同タイトルを収録した第1集『Super Junior05』をSuper Junior05名義で発売した。

『Miracle』（デビューアルバム収録曲）の活動が終わると、SMエンターテインメントは、スーパージュニアの第2世代として、「Super Junior06」の新しいメンバーの選考を開始。
SM側はグループから卒業させるメンバーのリストまで作っていたという。
しかし、ローテーショングループというコンセプトは、メンバー入れ替えを望まないファンの抗議も強かった。
そこでSMエンターテインメントは、13人目の新メンバーを加えると発表した時点で計画を変更し、次世代のスーパージュニアを作るプロジェクトを中止した。

そして2006年6月25日のSBS 『人気歌謡』において、『U』で初の音楽番組１位を獲得した。
2007年9月には、2枚目のアルバム『Don’t Don』を発売。
約19万枚のセールスを記録した。

またユニットグループSuper Junior-K.R.Y.（2006年）、Super Junior-T（2007年）、Super Junior-M（2008年）、Super Junior-Happy（2008年）が結成。

2008年2月に、単独ライブツアー『SUPER SHOW』を初開催。
日本では、2008年7月8日に日本武道館で初のイベント（ファンミーティング）を開催し、翌日シングル『U』を発売した。