若き用心棒・石川五ェ門が救った鉄竜会の組長が、大爆発により命を落とす。爆発の犯人は、ホークという大男だった。
一方、賭博船からお金を盗むことに成功したルパン三世一味も、その様子を目撃していたのだった。

場所は変わって伊豆山中のアジト。札束を前に祝杯を挙げていたルパン一味の前に現れたのは、ホークだった。ホークの目的はルパンたちの処刑。ルパンとホークの車が激しくチェイスしていると、五ェ門があわられホークとの死闘を繰り広げるが―。

ルパン専任捜査から外され、世界的武器商人ショット・シェル壊滅を命じられた銭形が、なんとルパンと手を組むことに。さっそくロシアから原潜イワノフを盗み、カレン教授を連れ出すことに成功したルパンたちだったが、ICPOからルパン暗殺許可を与えられたキースが五右ェ門、次元そしてルパンを次々にを襲う…。

ヴェスパニア王国。サクラ女王とその息子・ジル王子が猟銃事故で死んでしまう。その悲劇的なニュースは、世界中に知れ渡った。それは江戸川コナン、そしてルパン三世の耳にも例外なく…。サクラ女王の長女・ミラ王女が次期女王の座につくことになり、その王位継承をめぐる事件に巻き込まれるコナンと蘭。ミラ王女に容姿がそっくりな蘭は、ミラ王女の身代わりとしてヴェスパニア王国に連れ去られてしまう…。

沈没した豪華客船タイタニック号の船内に眠る竜の置物、さらにはその置物の秘密を記した巻物をめぐって、ルパン、五右エ門、香港マフィアのボス・陳珍忠、さらにかつての五右エ門の修行仲間・桔梗らがバトルを繰り広げる。そしてかつての仲間の裏切りを知ったとき、五右エ門の怒りが斬鉄剣にのりうつり…。

不二子からの依頼で、永遠の命が与えられるという伝説の「賢者の石」をエジプトのピラミッドから盗み出したルパン三世。しかし、不二子はルパンから賢者の石をだまし取り、ある人物のもとへ去ってしまう。その人物とは、1万年もの間、「神の実験」と称して自身のクローンを作り続けてきた、マモーという名の複製人間だった。マモーは自ら「神」を名乗り、ルパンに不老不死の話を持ちかけるが、ルパンは相手にしない。怒ったマモーは不二子をさらい、ルパンは圧倒的な力を持つマモーと対峙することになる…。

ロシアのカジノから大金を盗んだルパンは、かつてのライバル・マークの遺品‘トリックダイヤ’を狙ってスコットランドへ。しかし、それを手に入れるにはマークが用意したある条件を満たす必要があった…。

ルパン一味の出会いに興味があるエリナは、次元との賭けに成功。次元はしぶしぶ自分たちの出会いについて語り出す。今まで謎のままだったルパンたちの出会い（=ファーストコンタクト）が明らかになる…。

ヨーロッパの小国・カリオストロ公国。
人口3500人ほどの小国で、精巧な幻の偽札「ゴート札」を印刷し、世界各国の偽造紙幣を印刷しているという噂だが、その秘密を暴こうとして生きて帰ってきた者はいないという。
公国へと乗り込んだルパンたちは田舎道で、怪しい黒服の男たちに追われ、ウエディングドレス姿で車を疾走させる美少女・クラリスに出会う。
クラリスは自分を庇い、気を失ったルパンの元に、山羊の紋章の指輪を残し、一人、男たちに掴まる。
クラリスは大公家最後の姫で、数年前の火事で大公夫妻が亡くなった後、国の実権を握った摂政のカリオストロ伯爵と無理矢理結婚させられることに抵抗し、ドレスの仮縫い中に逃げ出したのだった。
事情を把握したルパンは「花嫁を頂く」との予告状を伯爵に送りつける。
独自の目的の為に城に潜入している女スパイの不二子、ルパンに呼び出された五右ェ門、そしてルパンを捕まえるべく、インターポールから銭形警部もカリオストロ公国に集結。
カリオストロの秘密と国を賭けた、ルパンの一大勝負。
最後にルパンが盗んだモノとは…。